Сериал "Тайный советник" рассказывает историю Павла Костикова. Когда-то он был одним из лучших в убойном отделе, но всё изменилось после роковой операции. Его напарник погиб, а сам Павел получил тяжёлое ранение. Вернувшись на службу, он обнаруживает себя за столом в аналитическом отделе, куда его перевели по настоянию отца погибшего друга. Здесь, среди бумаг и отчётов, ему приходится справляться не только с последствиями травмы, но и с грузом вины.

Жизнь осложняется ещё и тем, что вдову напарника, адвоката Полину, он давно любил, но скрывал это. Теперь их пути снова пересекаются, когда Полина берётся за защиту человека, которого считает невиновным. Не в силах остаться в стороне, Костиков, используя свой опыт и новые возможности, начинает тихое, неофициальное расследование. Ему удаётся найти настоящего преступника и доказать правоту Полины.

Эта победа становится началом их странного партнёрства. Полина начинает обращаться к Павлу за помощью в самых сложных делах, а он, оставаясь в тени, становится её главным консультантом. Из бывшего оперативника, раздавленного чувством долга, он медленно превращается в того самого "тайного советника", чья работа за кулисами порой решает больше, чем открытое противостояние.